海塞防并重，并定南北洋分段督办、平行发展为建设海防决策。这个决策无明确海防重点方向，缺乏可操作性。特别是全面铺开的方式超出了财政承受能力。
1879年日本吞并琉球，使清政府认识到必须加快改变国防现状，李鸿章等朝臣疆吏则再次对国防全局问题进行讨论。李鸿章等判断日本是主要威胁，俄、日势力将在朝鲜半岛方向交汇，对中国共同形成重大威胁。基于此，李鸿章明确提出以北洋所辖区域为海上防御重点。至此，清廷才全面接受海防重点建设意见，开始对北线海防实行倾斜政策，一个以北洋为重心的海防格局初步形成。
1883年爆发的中法战争使重建中的晚清国防体系受到全面冲击。战后，清政府进行了晚清第二次国防大讨论。此次讨论是一次名副其实的海防议，参加讨论者已不再集中于争论海防的地位，而是多就海防建设具体问题发表看法，主要集中于两个议题：成立海军统帅机构和海军分区设防。
前者讨论的结果是建立了海军衙门。它的建立加强了海军建设统筹，使海军开始具有独立军种的性质；后者的讨论则涉及海军建设与运用的指导方针。清廷在李鸿章等人的影响下，已就重点支持北洋的海防格局有所定见。1885年10月，清廷批准先自北洋精练海军一支的海防建设方针。至此，近代中国三洋设防、北洋为重的海防格局正式定型，晚清海防建设进入了其发展的高峰时期。
国防转型呈现三大特征
晚清国防与军事近代化是在传统封建体制内展开的一种渐进的革新过程。综观晚清国防转型，有三个突出特征贯穿其中：
其一是被动性。在中国近代化的历史进程中，国防与军事近代化起步最早，但它也是对列强侵略的被动反应。面对威胁，清政府被迫在起始阶段即从战略全局统筹国防方略。这使得中国近代军事变革的起点很高。清廷发动的国防问题讨论，为统治集团内一批有战略头脑、对时局有清醒判断的政治家提供了进行决策对话的政治空间；他们对晚清国防方略调整的影响是社会其他阶层无法比拟的。同时，由于最终决策具有绝对权威，因此在一定程度上为国防转型的起步清除了障碍。
就海防建设而言，其起始即是全局性战略筹划的一部分。惟因如此，近代中国海防才得以在短短10余年间就取得了重要成果：不仅建起了海上方向战略防御体系，而且在一段时间内有效阻遏了战略对手的侵华野心。
其二是渐进性。在这个渐进的发展过程中，清廷决策圈逐渐摆脱传统国防观念的束缚，从初步认识近代国防需求兼有内陆与沿海的双重特征，到承认海防重于陆防的现实；从决策西北与东南两个战略方向并重，到调整国防方略基本架构全力注重海防。这个过程典型地代表了清政府战略决策水平的变化。
晚清海防战略更突出反映了这种过渡性。清廷从否定李鸿章所倡重点布防、分区建设的主张，决策南北并重、平行发展海军建设；到全面接受其最要与次要之说，调整决策优先发展北洋，并最终部署形成北重南轻的海防格局。
其三是个人色彩成为影响和制约发展的重要因素。晚清国防力量的建设与发展，是在封建传统体制之下展开并推进的，因此个人因素在很大程度上制约着发展进程。以海防建设为例。晚清海防先后遵行两大原则：区域设防和重点设防。由于主持者的原因，北线建设获得了重要成果；而长江以南沿海防御建设前后却形成重要反差。
形成这种局面的因素固有多种，但主持者不力是最重要的原因。主持南洋海防的沈葆桢去世后，南洋海防即显颓势。而对海防建设贡献颇大的丁日昌，也因沈的去世而不再受清廷重视。可以说，封建体制为个人因素在最大程度上影响社会变革进程提供了政治前提，晚清国防建设亦因此而表现出得人而兴，亦因人而衰的浓厚封建色彩。